朱亨炤主任医师主要学术思想归纳如下：

1，证病合参，殊途同归，各有先后主次。提出将“辨病”与“辨证”二者统一于临床实践之中，认为“证”与“病”，二者已融合在一个个体身上，临床工作所面对的是一个“证”与“病”的综合体，要想解决具体的临床问题，二者均不可偏废；同时指出证病合参，当讲求先后主次，强调在临床诊断时，应该积极吸纳西医学的诊断知识，先辨病，后辨证，重辨证，也重辨病的观点，而在辨证施治时，首当以证为主，衷中参西。

2，八纲定性，脏腑定位，执简驭繁。提出以八纲辨证为疾病定性，指明疾病治疗的方向，在讲究执简驭繁的同时，清醒认识到疾病是一种“简中有繁”的综合状态；强调以脏腑辨证为疾疾定位，找准治疗的靶点，认为中医辨证诊断之时，确定何脏何腑功能发生异常，是认识疾病的基础和着手进行治疗的重要前提。

3，主方选经典，配伍多角度，严谨施治。指出临床辨治针对主证，当选方经典，但其所谓经典方，并不是特指仲景的经方，而是指在各医籍中早有记载，时至今日，已成为较为公认的各证型的常用代表方或各中医专科的常用代表方的这一类方剂，其中朱老尤其注重经典主方中君药的使用，其认为在经典方中作为君药来使用，就说明这些药物对治疗该类病证必然具有绝对的疗效；另一方面，朱老非常强调药物的配伍，认为药物的配伍关系到论治的严谨和临床症状缓解的快慢，在选药配伍方面，他形成了专症专药、特色理论、民间经验、参考现代药理研究等多重配伍思路。